1996년 3월 첫 전공의 선발이 이뤄진 이후 2017년까지 서울대병원 본원(연건)을 모병원으로 두 곳의 자병원 정원을 포함하여 매년 9명의 전공의 (연건병원 4명, 분당서울대병원 3명, 보라매병원 2명)를 선발하였다.
2018년부터는 연건/보라매병원은 모자병원 관계를 유지하고 분당서울대병원은 분리 모집을 시작하여 각각 6명과 3명의 전공의를 모집하여 수련하고 있다. 분당서울대병원의 분리 모집 이후에도 교실 차원의 전공의 통합 교육과 평가 체계는 그대로 유지하며 최대한 모병원 근무 기준 개월수를 지키는 수준에서 3개 병원 순환 근무 체계를 유지하고 있다.
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